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Die Speicherung von Dateien oder Bitstreams beschreibt Prozess des Hinterlegens von digitalen Objekten auf den Servern eines Repositories, womit das Dokument der Öffentlichkeit zugänglich gemacht wird.
Die Einreichung auf ein Repository kann und ist auch in der Regel mittels Authentifizierung auf einen bestimmten Personenkreis beschränkt. Diese Beschränkung soll sicherstellen, dass bei dem jeweiligen Repository wissenschaftliche Standards gewährleistet werden. Die Einreichung kann zentral von einer Kontrollinstanz erfolgen, die die Dokumente vorab prüft, oder die Einreichung ist auf einen Personenkreis beschränkt, bei denen eine wissenschaftliche Arbeitsweise vorausgesetzt wird, z.B. die Wissenschaftler von der das Repository betreibenden Institution oder von angeschlossenen Institutionen. Eine Überprüfung der Metadaten erfolgt in der Regel trotzdem, da eine Einheitlichkeit des Metadaten-Katalog elementar für die spätere Durchsuchbarkeit des Repository-Katalogs ist. Eine weitere Form der Begrenzungsmöglichkeit ist die Einreichung mit Vorbehalt. Das Dokument wird in diesem Fall auf den Repository-Servern gespeichert, aber nicht öffentlich zugänglich gemacht oder als nicht vollwertiges Dokument gekennzeichnet. Erst wenn die wissenschaftliche Güte des Dokumentes oder die Qualifizierung des Autors sichergestellt ist, wird das Dokument vollständig veröffentlicht. Ein Sonderfall hierbei ist das Peer Review: In diesem Fall wird das Dokument als Vorab-Version veröffentlicht und erst für final veröffentlicht erklärt, wenn eine bestimmte Anzahl an fachlich kompetenten Gutachtern die Publikation für wissenschaftlich korrekt erarbeitet erklärt haben.
Technisch erfolgt die Einreichung über einen Upload-Prozess: Das digitale Dokument werden von dem Rechner des Nutzers auf die Datenbank des Repositoriums geladen. Je nach System werden die Daten in einem festgelegten Dateiformat-Format (pdf, doc, txt, xml, mpg, avi, wav, mp3 usw.) direkt hochgeladen oder über ein Web-Interface eingegeben, der reine Subtext aus dem Interface wird dann anschließend in ein gängiges und einheitliches Format gewandelt. Die Eingabe in einem einheitlichen Format ist wichtig für die Weiterverarbeitung, Zugänglichkeit und Langzeitarchivierung. Bei dem direkten Upload müssen daher klare Regeln die Formate begrenzen, um einen unkontrollierbaren Wildwuchs der verschiedenen Formate zu vermeiden. Parallel zum Upload des eigentlichen Dokumentes erfolgt die Kennzeichnung mittels Metadaten. Somit wird sichergestellt, dass das Dokument in dem Katalog des Repositoriums auffindbar bleibt. Wie auch bei den Dokumenten selbst, ist die Einheitlichkeit der Metadaten zu gewährleisten, um die Dokumente vergleichbar wie auffindbar zu halten. Die Wahl des verwendeten Metadatenstandards orientiert sich wahlweise am institutionell verwendeten Standard für Printpublikationen oder an einem institutionell übergreifenden Standard, für den Fall das das Repositorium an einen Verbund angeschlossen oder in ein Netzwerk eingebunden werden soll.
Die Speicherung erfolgt auf an den Server des Repository angeschlossenen Datenbanken. Zur Datensicherheit werden die Bestände regelmäßig gespiegelt.