Sowohl institutionelle als auch fachliche Repositorien wollen kostenfrei elektronische Publikationen auf zeitgemäße Art und Weise via Internet zur Verfügung stellen. Suchmaschinenindexierung des Volltextes und der Metadaten durch allgemeine Internet-Suchmaschinen sowie wissenschaftliche Suchmaschinen mit Hilfe einer sogenannten OAI-Schnittstelle sind für beide Repositorientypen eine wichtige Möglichkeit zur Erhöhung der Sichtbarkeit der angebotenen Publikationen. Der Grad an Strukturierung formaler und inhaltlicher Erschließung findet seine Begrenzung typischerweise in den Möglichkeiten des Dublin Core Simple-Elementsets. [1]
Die Betreiber von fachlichen und institutionellen Repositorien verfolgen unterschiedliche Ziele, dies führt in der Folge zu abweichenden Vorgehensweisen aufgrund unterschiedlicher Prioritäten. Ein fachliches Repositorium kann sich auf die speziellen Bedürfnisse der jeweiligen Fachgemeinschaft konzentrieren und wird ihnen damit eher Rechnung tragen können als ein institutionelles Repositorium, das in der Regel mehrere Wissenschaftsdisziplinen bedienen können muss. Die Möglichkeiten der Akquise von Publikationen können beim fachlichen Repositorium vielfältiger sein. Sie sind zwar primär an den Interessen bzw. den Ideen des Betreibers und seiner Geldgeber orientiert, aber die Leitlinien sind sicher in größerem Umfang gestaltbar als bei seinem institutionellen Pendant. Der Input eines institutionellen Repositoriums findet seine Grenzen in der Gruppe der Beschäftigten und deren Publikationstätigkeit im Rahmen ihres Arbeitsverhältnisses sowie ihrer Kooperationsbereitschaft bzw. der Ausgestaltung ihrer Verlagsverträge. Die Nähe von fachlichem Repositorium zu anderen fachlich orientierten Angeboten empfiehlt eine Kooperation der Anbieter zur Vernetzung von Angeboten. Die Vernetzung der institutionellen Repositorien mit dem Ziel der Hinwendung zum fachlich orientierten Nutzer findet häufig über die Indexierung durch OAI-Service-Provider wie OAIster, BASE oder die HU Berlin sowie die normale Suchmaschinenindexierung statt. Eine fachliche Zuordnung wird dort aber nur rudimentär oder gar nicht unterstützt. Neben dem Zugriff über normale Internet-Suchmaschinen findet die Nutzung in aller Regel im fachlichen Kontext statt. Die Notwendigkeit zur Darstellung der Publikationstätigkeit einer Institution macht die unterstützende Funktion eines institutionellen Repositoriums für Publikations-Statistik und die Zuordnung Publizierender zu definierten Teilen der Institution zur wichtigen Eigenschaft.[2]